南京皇宫内，朱由崧正式监国后，面见文武百官商定内阁大臣。
林辰品级太低，无法上朝，随即被安置南京皇宫国子监内继续教书，做他的从八品助教，林辰本不会什么四书五经，圣人之道，好在监生大多都是来混人脉的，也就那样吧，平时讲讲金瓶梅啊！话说那西门大官人之类的，时间就这么打发过去了。
至于皇宫奉天殿已经为商定内阁大臣的事，陷入了激烈的争吵。
朝廷推选内阁大臣，大家都推举史可法、高弘图、姜曰广。
这让诚意伯刘孔昭十分不满，上前说道“臣刘孔昭乃刘伯温之后，此番也有拥立之功，为何不能入阁？”
史可法岂是傻子，能让他如愿？上前说道：“本朝没有勋臣入阁的先例，勋臣入阁？大明没有这个说法！”
“就算我不能，马士英为什么不能入阁呢？”刘孔昭愤愤地说。
“那好吧！臣举荐马士英为东阁大学士兼兵部尚书、都察院右副都御史。”马士英入阁，史可法实在找不到话来反驳，见状也只能不得不选择妥协道。
随后又讨论填补大臣的空缺，最后推选了郑三俊、刘宗周、徐石麒。
“臣在举荐一人阮大铖，此人文韬武略样样精通。”刘孔昭面朝福王朱由崧，提议阮大铖入阁道。
“先帝亲自定他为违逆案犯，不要再说了。”史可法见状刘孔昭马士英这一派，又想要安插党羽进入内阁，加之阮大铖之前本就有过错，史可法马上找到借口，当即反驳道。
历史记载过了两天后，朝廷任命史可法为礼部尚书兼东阁大学士，同马士英、高弘图一起任用，史可法仍然掌管兵部的事务，而马士英仍然督军镇守凤阳，也就是说，他不能留在南京，要外出坐镇，这样就极大削弱了他的权势，他无法直接干预中央决策。
随后南京城内和北京过去一样又制定了京军制度，侍卫部队和锦衣卫各军都列入军队进行操练，锦衣卫东西两司房，以及南北两都的抚司官，不再全部设立，以防止告密，安定人心。
最终朝廷内阁大臣的位置是安置下来了，但一番争论下来，史可法竟成了成了最大赢家，为内阁首辅，很快朝廷发布诏令了。
马士英在府内听到朝廷诏令，顿时勃然大怒道：“本官拥兵迎福王于江上，福王才得以成为监国，为何我不能做首辅？”
“有些事情福王也不能做主，但他真正做了皇帝，必然会迎你为首辅的！”将领郭随劝马士英道。
“希望到时候别出现什么其他的宠臣把我的位置给抢了，别到头来出力还不讨好！”马士英十分气愤道。
不久之后，马士英回去凤阳镇守，临走之前，还将史可法曾经密信于他福王有七不该立的理由，全部转述给福王，随后气愤而走。
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